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Microorganismes
Les bactéries
L'infection urinaire est l'anomalie la plus fréquemment observée en microscopie urinaire. La présence de nombreux leucocytes et de bactéries est une caractéristique de cette situation. Les spécimens d'urine pour examen de routine ne sont pas obtenus de façon stérile de sorte que, les vieux spécimens peuvent présenter beaucoup de bactéries avec peu de leucocytes. La présence de cellules pavimenteuses nombreuses peut indiquer que les bactéries proviennent des organes génitaux externes. Dans ces deux situations, un résultat positif pour les nitrites oriente vers une infection urinaire.
Les bactéries associées à l'infection urinaire sont souvent des bâtonnets (E Coli) mais ceci est loin d'être la règle. La présence de bactéries qui adhèrent à la surface des cellules urothéliales est fréquente dans l'infection urinaire. Cette situation doit être distinguée des " Clue cells ", qui sont en fait des cellules pavimenteuses d'origine vaginale recouvertes par un coccobacille (Gardnerella vaginalis) qui se présentent comme une croûte à la surface de la cellule. À l'examen microscopique, ces cellules ont un aspect granuleux avec une bordure cellulaire floue.
Les levures
Comme pour la présence de bactéries, la présence de levures est un indice d'infection. La levure la plus fréquente dans l'urine, est le Candida. L'identification de ce type de levure est relativement aisée à cause de son aspect caractéristique en forme de quille. Dans la majorité des cas, on observe des cellules isolées mais dans certains cas il est possible de voir une pseudohyphe avec ses bourgeons.
D'autres formes de levures sont possibles et certaines sont parfois difficiles à différencier des globules rouges ou de d'autres structures semblables dans un état frais. Cependant, les levures contiennent de l'ADN qui peut être mis en évidence avec un colorant usuel comme le Sedistain qui colore celles-ci en bleu.
Les levures sont souvent observées dans les spécimens qui contiennent du sucre. Il est important d'être à l'affût avec ces spécimens, car, l'infection urinaire à levures est, chez le diabétique, une possibilité à ne pas écarter. Les cylindres contenant des levures ont une très grande signification clinique.
Les parasites
Le parasite le plus fréquent en microscopie urinaire est le trichomonas. Habituellement, celui-ci provient d'une contamination du spécimen par des sécrétions de l'appareil génital. Cependant, il est important de mentionner la présence des trichomonas car la littérature rapporte des cas de colonisation de la vessie et de la prostate. L'identification de la cellule vivante est relativement aisée, à cause de la motilité spectaculaire du trichomonas. L'identification de cellules immobiles à l'état frais est souvent un défi. Il existe des colorations appropriées pour l'identification des trichomonas.
D'autres parasites peuvent être observés dans l'urine. Mais ces situations sont rarissimes et se rencontrent dans des populations particulières. L'identification de ces parasites devrait être confié à la section de parasitologie. Celle-ci possède l'expertise appropriée pour faire une identification plus sure.
Les infections virales
Certaines manifestations cellulaires de l'infection virale sont décelables dans un sédiment urinaire. Pour que ces manifestations soient visibles, il faut impérativement colorer les cellules. L'identification des cellules infectées est un travail qui relève plus du champ de compétences des cytologistes.
- L'infection virale la plus fréquente est due à l'herpès simplex. Les cellules transitionnelles infectées présentent un noyau contenant une inclusion éosinophile typique, entourée d'un halo clair.
- Le cytomégalovirus se caractérise par une inclusion dite en oeil d'oiseau.
- L'infection par le virus polyoma donne une transformation cellulaire autrefois appelée " decoy cell ". Le noyau élargi est envahi par une énorme inclusion basophile.
Les spermatozoïdes
Les spermatozoïdes présents dans l'urine sont le résultat d'une contamination du spécimen par du sperme après une activité sexuelle. Chez l'homme, cette contamination est interne et représente un drainage du résidu. Chez la femme, la contamination provient des sécrétions vaginales.
Certains pensent que l'on devrait taire la présence de spermatozoïdes. Le problème avec cette politique vient du fait qu'au laboratoire on a rarement tous les éléments pour prendre une décision éclairée. On imagine mal un laboratoire qui omettrait, en toute connaissance de cause, de signaler la présence de spermatozoïdes dans l'urine d'une fillette en bas âge, une patiente âgée hospitalisée de longue date, une patiente en coma, une patiente déficiente intellectuelle etc. Les hommes aussi ont leurs cas particuliers spécialement en gériatrie et en psychiatrie. Nous pensons que le rapport devrait laisser le clinicien décider de la pertinence du résultat.
Le mucus
La présence de mucus dans l'urine est fréquente. Le rôle du mucus n'est pas clair. Certains pensent que le mucus a un rôle protecteur, spécialement contre l'infection bactérienne. En s'enrobant autour des bactéries, le mucus empêche celles-ci d'adhérer à la paroi de l'arbre urinaire. Les bactéries sont ainsi éliminées lors de la miction. Le mucus peut aussi protéger la paroi de l'agression chimique de l'urine.
On retrouve clairsemé sur une bonne longueur de l'arbre urinaire (branche épaisse de l'anse à la vessie) des cellules mucipares. Le mucus peut donc provenir aussi bien du rein que de la vessie. Le mucus provenant des voies urinaires hautes contient de la protéine de Tamm Horsfall ce qui explique l'association fréquente du mucus avec les cylindres. Chez les personnes âgées, la présence de mucus est très fréquente et semble provenir des voies urinaires basses.
Dans la majorité des cas, le mucus est associé à une situation bénigne. Une irritation pourrait provoquer une hypersécrétion de mucus.
Les artefacts
Le nombre d'éléments contaminants que l'on peut retrouver dans l'urine est surprenant. Certains de ces artefacts sont des inévitables comme les débris de verre, les bulles d'air etc. D'autres sont présents par accident comme les fibres de tissu, les poils etc.
L'amidon et le talc.
Avec l'usage systématique des gants de latex par le personnel hospitalier, la présence de cristaux d'amidon et quelquefois de talc est devenue très fréquente. Le cristal est biréfringent avec formation d'une croix de malte en lumière polarisée. L'aspect du cristal en champ clair est suffisamment différent du corps biréfringent pour que la distinction entre les deux ne soit pas un problème.